Horizon Holland is reeds vele jaren betrokken (sinds1985) bij de medische hulp aan de Molukken. Tijdens de ongeregeldheden op de Molukken (periode februari 1999-2003) heeft HH directe materiële hulp verleend in de vorm van geneesmiddelen, verbandmiddelen, medisch instrumentarium, voedingsmiddelen, kleding en les-, spel- en sportmaterialen. Daarnaast heeft Horizon Holland in deze periode vier medische teams vanuit Nederland naar deze eilandengroep uitgezonden.
Samen met lokale artsen en verpleegkundigen hebben deze teams directe hulp verleend aan de vluchtelingen en slachtoffers van de gevechten op onder meer de eilanden Ambon, Ceram, Saparua, Haruku en Buru. In de gehele periode, dat de ongeregeldheden op de Molukken plaatsvonden, heeft Horizon Holland meer dan 20.000 slachtoffers medisch kunnen begeleiden en gratis van geneesmiddelen kunnen voorzien. Bovendien konden een groot aantal gewonden naar onder meer Jakarta worden overgevlogen en daar geopereerd worden.
Nu de vrede op de Molukken weer is hersteld, heeft Horizon Holland de medische zorg van de vluchtelingen in beginsel overgedragen aan de lokale Indonesische medische Instanties.